玉山國家公園擁有著豐富且獨特的高山自然生態環境，為臺灣野生動物資源及棲息地最豐富的保護區之一，更是臺灣產特有亞種瀕臨絕種野生動物臺灣黑熊(Ursus thibetanus formosanus)族群密度及遺傳多樣性相對較高之區域，玉管處自民國87年起於玉山園區進行黑熊生態及族群監測等長期資料收集與分析，勾勒出黑熊族群的脈絡，更提供全島黑熊族群調查的重要資料。
臺灣黑熊保育研究不停歇，揭秘園區東西部黑熊族群利用天然棲地之差異性，玉山國家公園的臺灣黑熊族群有增長的趨勢
為瞭解臺灣黑熊目前在全園區的族群出沒現況，玉管處委託黃美秀教授研究團隊進行人造衛星追蹤6隻黑熊的資料發現，園區東西部黑熊族群利用海拔及天然棲地差異性大，西部園區的黑熊主要活動在中高海拔(1,500-3,000公尺，93.5%)的針葉林(36%)與闊葉林(31%)；東部園區黑熊則主要利用低中海拔(500-2,400公尺，90%)及闊葉林(81%)環境。
衛星追蹤資料顯示，黑熊每日平均有40%的時間在活動，並以日行性為主，清晨與黃昏是牠的活動高峰。季節活動模式的結果並顯示：秋冬季的活動比例較春夏二季高，且夜晚活動的比例增加。臺灣黑熊並不冬眠，然這可能與準備入冬的「大量進食期」有關。玉山園區及鄰近不同區域的天然環境具有顯著的異質性，故這結果也可能受到人為活動、遊憩壓力或交通易達性等因素影響。就整體黑熊活動、族群監測及目擊通報等長期資料皆顯示，玉山國家公園目前是全臺灣唯一有明確數據支持臺灣黑熊族群正在擴張增長的區域。令人振奮的是，迄今有7個相機點位紀錄到不同8組母熊帶小熊的家族，小熊1-3隻不等。一組母熊帶3隻幼熊的影像也是台灣黑熊目前唯一的曝光紀錄。顯示園區黑熊族群繁殖表現狀況良好。
此外，最新的人造衛星追蹤資料顯示黑熊的活動範圍廣泛，約為35-208平方公里，除園區內的活動紀錄外，部分個體甚至到達園區外8公里遠的特富野古道。此結果也顯示臺灣黑熊的保育工作有賴跨單位及結合地區的努力。
建置玉山園區臺灣黑熊長期監測系統，瞭解轄內黑熊食物之來源，解析相機監測到的物種豐度， 以多元方式收集黑熊之遺傳資訊
玉管處為進一步釐清黑熊的分布模式，與園區內天然棲地環境組成或遊客遊憩行為有關，研究進一步以16平方公里的網格布設，迄今完成67處樣點紅外線相機架設，進一步評估全園區的黑熊族群分布情況，以及持續監測園區內中大型野生動物之相對豐度，以探討這些動物活動與環境之關聯性。同時，計畫透過植物社會組成，建立黑熊棲地利用與植群類型之關聯性，迄今已記錄黑熊覓食所遺留下的痕跡，共18種樹種。該計畫也將透過熊痕跡樣帶調查法，並比較10年前的調查結果，以及探討不同調查技術(自動照相機、無線電追蹤、痕跡、有熊通報等)用於臺灣山區評量黑熊豐度的優劣與限制，提供族群監測建議。
另外，為建構利用非侵入法了解大範圍台灣黑熊的族群狀況，本計畫以多元方式收集黑熊之遺傳資訊，建立以熊毛毛囊細胞DNA萃取技術應用平台。
玉山國家公園臺灣黑熊族群之保育永續工作，仍須在地居民支持與參與，並加強與保育公私部門合作攜手守護
玉管處為因應未來國家公園法修法，納入原住民傳統狩獵及採集文化入法，委託國立屏東科技大學吳幸如教授，深入南部園區鄰近周邊梅山、復興及拉芙蘭村里之南部園區鄰近布農族部落建夥伴關係，並取得部落共識，以保育永續為前提，成立「南橫傳統領域文化自然資源自治協會」，發展兼顧地方自然與人文特色產業。透過計畫的執行，安排由布農族人協助更換監測相機之記憶卡及巡護工作，並記錄多筆臺灣黑熊個體在南部園區出沒之影像，足以顯見該區域環境資源豐富，及與在地居民合作之保育成效。
玉管處希望未來加強與在地族群合作復振傳統原住民文化，如：導入在地解說培力課程，辦理尋根祭祖活動，及規劃發展部落特色產業，希望與部落達到生態、生產、生活之共生共榮為目標，期許未來與保育主管機關合作，暢通中央山脈保育廊道，完整保護臺灣黑熊活動棲息地，整合保育公私部門資源，並計劃與卓溪鄉公所及台灣黑熊保育協會共同推動建置卓溪鄉東部臺灣黑熊保育中心，作為臺灣黑熊及其他野生動物收容與野訓之場所，並成為玉山東部園區之黑熊環境教育、科學研究之交流場域，透過各項措施期能達到各方共同守護園區野生動物族群，並降低潛在的人獸衝突，擴大玉山國家公園保護區的效能。
資料來源：玉山國家公園