南科地處低窪地勢易淹水,在開發之初即設計了完整的排水設施,以生態工法建築的7座具調洪功能的滯洪池,其分別為道爺湖、霞客湖、迎曦湖、三抱竹湖、安定湖、舒湖及堤塘湖,具有排水、防洪、水質監控等功能外,並設有生態池、濕地、湖泊、公園等景觀,綠覆面積極大,園區內可見數七種保育鳥類,還兼具自然、保育等功能,堪稱「南科之肺」的生態保護區,園區像是一座大型的自然生態藝術博物館。
迎曦湖、道爺湖、霞客湖是園區內三座生態湖,均設有環湖步道,沿著湖畔欣賞湖中生態及湖岸風光,其中迎曦湖畔有如巨龍造型的藝術裝置「舞彩迎賓」,最為吸晴。